In generale, quando si parla di firma digitale si sta parlando di qualcosa di astratto. Se vogliamo applicare la firma digitale a dei documenti elettronici, quindi a dei file, tipicamente bisogna anche definire il formato con cui la firma digitale viene introdotta all'interno. Esistono vari formati, il primo definito nel passato è stato il formato PEM, che è stato sviluppato per rendere sicuri i messaggi di posta elettronica, ossia per generare messaggi firmati oppure messaggi con firma digitale ed anche cifratura, ossia segretezza. Questo è un formato molto vecchio, attualmente non viene più usato come formato dati, per trasmettere messaggi, ma solamente per salvare e proteggere sui dischi locali le chiavi pubbliche e private di alcuni processi. Ad esempio, il suo tipico utilizzo è all'interno dei server Web sicuri.